當谷歌旗下Isomorphic Labs的CEO Demis Hassabis——同時也是DeepMind的掌門人——宣布推出新一代AI藥物設計引擎IsoDDE時，科學界為之震動。這款被《自然》雜志稱為“AlphaFold 4”的系統，在性能上全面超越前代，卻在開源問題上引發(fā)巨大爭議：其代碼、論文與訓練方法均未公開，徹底打破了AlphaFold系列延續(xù)的開放傳統。
IsoDDE的突破性能力令人驚嘆。它不再局限于預測蛋白質三維結構，而是將結構解析、結合強度計算與隱藏結合位點發(fā)現等功能整合為統一引擎。在測試中，面對與訓練數據相似度低于20%的全新蛋白結構，其成功率是AlphaFold 3的兩倍多；在60個高難度案例中，17個案例中AlphaFold 3完全失敗，而IsoDDE成功解析。更驚人的是，它僅憑氨基酸序列便發(fā)現了科學家耗時15年才通過實驗確認的蛋白隱藏結合位點——傳統方法需昂貴實驗與漫長周期，而IsoDDE僅需數秒。
哥倫比亞大學計算生物學家Mohammed AlQuraishi評價其為“AlphaFold 4級別的飛躍”，尤其震撼于其在陌生分子體系中的泛化能力：“這表明他們一定開發(fā)了前所未有的技術?！比欢@份27頁的技術報告卻對模型架構、訓練方法等關鍵細節(jié)只字未提，僅以“激勵其他團隊”為由拒絕公開核心信息。Isomorphic Labs總裁Max Jaderberg的表態(tài)更引發(fā)學術界不滿：“我們沒有義務分享‘秘方’?！?/p>
這一轉變與AlphaFold的開源傳統形成鮮明對比。2021年，AlphaFold 2的代碼與論文免費開放，其預測結果被190多個國家的超300萬研究者使用，徹底改變了生物學研究范式。2024年，Hassabis因AlphaFold獲諾貝爾獎，諾貝爾委員會特別強調其“將最強大的科學工具免費交付全人類”的精神。即便AlphaFold 3曾因代碼開源延遲引發(fā)爭議，最終仍向學術界開放；而IsoDDE的閉源決策，被《自然》雜志直言“科學家們只能猜測如何復現其成果”。
爭議背后，是AI科學工具日益集中的權力格局。Isomorphic Labs已獲6億美元融資，與禮來、諾華簽署近30億美元合作協議，內部運行17條藥物管線。武田制藥的Diego del Alamo指出，該公司與藥企合作積累的私有實驗數據，可能構成IsoDDE的核心優(yōu)勢：“如果性能提升依賴數據壁壘而非算法創(chuàng)新，所謂的‘激勵’不過是姿態(tài)?！?/p>
開源陣營并未因此退縮。非營利組織Boltz的創(chuàng)始人Gabriele Corso認為，公開數據中仍存在大量改進空間，IsoDDE設定的性能基線“完全可以超越”；另一家公司Deep Origin更宣稱，其DODock引擎早在2025年8月便在同類測試中達到可比水平，且采用完全不同的技術路線。過去兩年，開源社區(qū)已涌現Boltz-1/2、Chai-1等接近或部分超越AlphaFold 3的模型，但制藥領域的數據壁壘遠高于語言模型——后者依賴的互聯網文本是公共資源，而高質量蛋白-藥物實驗數據多掌握在藥企手中。
這場爭論遠超技術范疇。AlphaFold曾被視為“AI開源推動科學進步”的典范，其閉源后代的出現，撕開了這一敘事的裂縫。當最強大的科學AI工具逐漸從公共品變?yōu)樯虡I(yè)資產，當突破性成果以技術報告替代同行評審論文，學術界看到的不僅是結果，更是一個可能的未來：科學共同體的絕大多數人，或許只能在圍欄外旁觀他人定義的方向。
